沿革
| 2004年4月 | 教授会で山形大学医学部附属病院の医療の中心を「がん」とした（嘉山孝正 医学部長） |
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| 5月 | 教授会で重粒子線治療装置の導入を決定 |
| 6月 | 腫瘍分子医科学講座設置 （がん専門の基礎講座新設、北中千史教授招聘: 国立がんセンターから） |
| 7月 | (株)山形先端医療研究所を設立 （Advanced Medical Institute in Yamagata : AMIY） →重粒子線がん治療施設の導入のための資金調達、設置計画案の作成 |
| 2005年4月 | 国立大学初の独立した「医学部がんセンター」認可・設立 （センター長、嘉山孝正教授） |
| 2006年4月 | 放射線腫瘍学講座（放射線治療科）新設 （根本建二教授招聘: 東北大学から） |
| 6月 | 臨床腫瘍学講座（腫瘍内科）新設（吉岡孝志教授招聘: 東北大学から） |
| 9月 | キャンサートリートメントボード開始 |
| 12月 | がん患者相談室開設 |
| 2008年4月 | 「医学部がんセンター」内に「悪性腫瘍研究センター」を設置 （センター長、北中千史教授） |
| 2008年8月 | 「東北がんネットワーク」設立 東北6医学部と6県のがん診療拠点病院で構成、事務局を山形大学医学部に設置 |
| 2010年4月 | 嘉山孝正医学部長、国立がん研究センター理事長として異動 重粒子線設置に関する取組みは停止 |
| 2012年4月 | 嘉山孝正国立がん研究センター理事長、山形大学学長特別補佐として帰山 |
| 2012年4月 | 重粒子線治療装置導入が全学の事業として位置付けられた |
| 2012年4月 | 「山形大学重粒子線がん治療施設設置準備室」を組織し、導入活動を再開した （室長：嘉山孝正学長特別補佐） 【設置準備室メンバー】（敬称略） 室長 嘉山孝正（学長特別補佐）、山下英俊（医学部長）、久保田功（病院長）、根本建二（医学部教授）、河野和利（企画部課長）、金生周篤（渉外部副課長） |
| 9月 | 「東北がんネットワーク」の下に「東北粒子線コンソーシアム」を設置し、重粒子線治療施設の東北圏における広域的な有効利用について検討を開始 ※ 嘉山孝正（学長特別補佐）、山下英俊（医学部長）数十回にわたり文部科学省・財務省と予算折衝を重ねる 山形県の政官財の応援も受ける |
| 2013年2月 | 「重粒子線がん治療施設設置」事業に対して平成24年度補正予算（研究費 約10億）に採択される。同時に文部科学省から研究について4項目の通達があった。 文部科学省通達抜粋
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| 2014年2月 | 平成25年度補正予算（研究費 約10億）に採択され、同費用を用い集患のためのネットワークを構築。東北がんネットワークの6県と新潟県のがん拠点病院をテレビ会議システムで結ぶ設備を整える。 |
| 3月 | 「重粒子線がん治療装置研究棟」竣工 三菱電機(株)により提供される （平成29年山形大学医学部に編入） |
| 6月 | 民間（個人・法人）に対する寄附募集を開始 |
| 2015年1月 | 平成27年度予算案に本体工事費約70億円が閣議決定される |
| 1月 | 山形県、山形市の山大重粒子への支援表明を受けて資金調達の目処がたち「重粒子線がん治療装置」導入が決定 |
| 4月 | 「山形大学医学部次世代型重粒子線治療装置研究開発室」に組織改編し、活動を本格化した（室長：嘉山孝正医学部参与） |
| 5月 | 設計契約・着手：（株）日本設計 |
| 9月 | 装置製造契約：（株）東芝 |
| 9月 | 山形県市町村振興協会が山大重粒子へ支援表明 |
| 2016年9月 | 先端医療国際交流推進協議会 設立 |
| 2017年3月 | 工事契約・着工：（株）竹中工務店 |
| 2019年4月 | 「山形大学医学部東日本重粒子センター運営委員会」として、活動開始（センター長、根本建二教授） |
| 2020年10月 | 前立腺がんに対する重粒子線治療の予約受付を開始 |
| 2020年11月 | 前立腺がんに対する重粒子線治療の診療受付を開始 |
| 2020年12月 | 開所記念式典挙行 |
| 2021年2月 | 前立腺がんに対する重粒子線照射治療の開始 |
| 2022年5月 | 頭頸部腫瘍に対する重粒子線照射治療の開始 |
| 2022年7月 | 大腸がん術後再発及び骨盤部の骨軟部腫瘍に対する重粒子線照射治療の開始 |
| 2022年10月 | 山形大学医学部東日本重粒子センター 本格稼働 |
| 2023年4月 | 岩井岳夫教授が山形大学医学部東日本重粒子センター長に就任 |
| 2024年7月 | 小藤昌志教授が山形大学医学部附属病院重粒子線治療センター長に就任 |
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